Editando Enviando un trabajo al cluster

A continuación se explicará la forma de enviar trabajos al cluster.

== Explicación de la forma de trabajo ==

Cada usuario ingresará a "BigZ", servidor de login, el cual procesará todas las peticiones que le sean enviadas. Este servidor '''no ejecuta ningún tipo de cómputo (compilación, cálculo en paralelo, etc)''', está dedicado para que los usuarios envíen sus trabajos y gestionar su directorio de archivos, además de gestionar las colas de trabajo. 

Al enviar una petición, este servidor la distribuye en alguno de los nodos para que sea resuelta. Posteriormente se podrá ver los resultados dependiendo del tipo de salida que haya definido el usuario.

== Colas de trabajo ==

Los trabajos deben ser enviados a una cierta cola de trabajo, esto hace que se pueda ordenar mejor la ejecución de los trabajos de los usuarios. Las listas habilitadas para el uso son:

* '''compile''': Lista destinada a los trabajos de compilación de código. Se puede asignar un máximo de 12 procesadores por compilación y un máximo de 1 hora de ejecución
* '''test''': Lista para realizar pruebas, se puede escoger de 1 a 3 nodos completos o 100 procesadores de forma simultánea. Permite una ejecución de 2 horas
* '''work''': Lista para el trabajo pesado, tiene las mismas limitantes que la lista anterior, pero permite una ejecución de 3 días como máximo.

Se le pide a los usuarios que envíen su trabajo a la cola correcta, esto permitirá obtener los resultados de forma más rápida.

== Módulos de funciones ==

Las distintas herramientas han sido modularizadas con el fin de facilitar el uso de las herramientas, la forma de utilizar un módulo es:

<pre>
module load <nombre modulo>
</pre>

Los módulos disponibles son:

<pre>
intel/xe2013        
mpich2/1.5/intel
mpich2/1.5/gcc
openmpi/1.6.5/intel
openmpi/1.6.5/gcc
</pre>

Todos aquellos módulos que terminan en gcc fueron compilados con los compiladores libres, aquellos que terminan en intel fueron compilados con los compiladores de intel. Los compiladores de intel pueden ser cargados mediante su módulo intel/xe2013.


== Enviar un trabajo ==

El comando para enviar un trabajo es '''qsub''', el cual permite colocar un trabajo en una cola. Se recomienda crear un script que permita definir ciertos parámetros para el trabajo. Posteriormente se podrá enviar el trabajo como:

<pre>
qsub job1.pbs
</pre>

El archivo tiene esta forma

<pre>
#------------------------------------------------------------------------
# Asigna un nombre al trabajo
#------------------------------------------------------------------------

#PBS -N <NOMBRE_TRABAJO>

#------------------------------------------------------------------------
# Asigna el trabajo a una cola
#------------------------------------------------------------------------

#PBS -q <NOMBRE_COLA>

#------------------------------------------------------------------------
# Configura la cantidad de nodos a utilizar.
# nodes indica la cantidad de maquinas y ppn la cantidad de procesos
# por nodo.
# Si queremos solicitar 3 procesos con 1 por nodo.
# EJ. -l nodes=3
# Si queremos solicitar 8 procesos con 2 procesos por nodo.
# EJ. -l nodes=4:ppn=2
# También se pueden solicitar procesadores como
# EJ. -l ncpus=12
# O memoria
# EJ. -l mem=12
#------------------------------------------------------------------------

#PBS -l nodes=<NODOS>:ppn=<PROCESADORES POR NODO>

#------------------------------------------------------------------------
# Tiempo maximo de ejecucion del trabajo (opcional)
#------------------------------------------------------------------------

#PBS -l walltime=2:00:00

#------------------------------------------------------------------------
#  Ejecuta el trabajo
#------------------------------------------------------------------------

module load intel/xe2013
ifort comm_fortran.f

</pre>

== Monitoreo de trabajos ==

Para monitorear los trabajos se puede utilizar el comando '''qstat''', el cual produce una salida similar a esta:

<pre>
Job ID                    Name             User            Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
15.bigz                    STDIN            test                   0 R test
</pre>

Aquí se podrán ver todos los trabajos enviados por el usuario y su estado (bajo la letra S), los cuales pueden ser: '''Q'''ueued, '''R'''unning, '''C'''omplete, '''E'''rror.


== Eliminar trabajos ==

Si por algún motivo desea eliminar un trabajo, puede realizarlo con el comando '''qdel'''. Por ejemplo para eliminar el trabajo que aparece en el ejemplo anterior se debe ejecutar:

<pre>
qdel 15
</pre>